为确保有效清洁，所有手术器械 必须处于打开位置。如果可能，应拆卸多件物品。小心处理所有仪器以防止损坏。使用超声波清洗器时，重要的是保持不同的金属类型。电解可以在超声波清洁器的湿热室中发生，这可以使一个金属镀层转移到另一个金属上。

许多制造商建议手动清洁。仪器应浸没和拆卸。优选使用三槽方法：洗涤，漂洗，后冲洗。如果使用水池，应根据仪器制造商的说明经常排水和清洁水池。

需要各种专用于清洁手术器械的各种软毛刷，各种尺寸和长度。根据仪器制造商的清洁说明，也可以使用软布。然而，不应使用研磨物品海绵/外科医生擦洗刷或可渗透的材料，例如木材。

超声波清洁是一种有效的清洁过程。超声波机器使用通过解决方案传输的声波。声波会产生微小的气泡，这些气泡会内爆，从而产生清洁的冲刷作用; 这种机械过程称为空化。超声波清洁可有效去除难以触及的区域中的污垢。在放入超声波清洁器之前，应从仪器上所有污垢。

漂洗是手术器械清洁过程中重要的部分。冲洗通过手动和/或超声波清洁和残留清洁剂去除松散的碎屑。终漂洗剂优选使用无菌去离子/蒸馏水，以防止矿物质沉积并降低热原的可能性。水不应该重复使用。遵循仪器制造商关于冲洗水的体积和质量，水温和冲洗次数的建议。

带内部通道的手术器械需要特殊清洁。在清洁管腔和内部通道时必须严格遵守仪器制造商的建议。必须使用合适尺寸的刷子在管腔内产生摩擦力以进行清洁。清洁后彻底冲洗。